BasicFiniteGrid temp = new BasicFiniteGrid(rows, columns); 
      for (int r = 0; r < rows; r++) { 
         for (int c = 0; c < columns; c++) { 
            double ranGen = Math.random(); 
            if (ranGen < X) { 
 
               temp.setGridIndex(new Group1(r, c), r, c); 
            } 

      BasicFiniteGrid temp = new BasicFiniteGrid(rows, columns); 
      for (int r = 0; r < rows; r++) { 
         for (int c = 0; c < columns; c++) { 
            int ranGen = (int) (Math.random() * 3); 
            switch (ranGen) { 
            case 0: 
               temp.setGridIndex(new Clear(r, c), r, c); 

      this.grid = grid; 
      TURNS_PER_FISH_REPRODUCE = fishReproduce; 
      TURNS_FOR_SHARK_DEATH = sharkDeath; 
      TURNS_PER_SHARK_REPRODUCE = sharkReproduce; 
      cellSizes = new HashMap<String, Integer>(); 
      cellSizes.put(Fish.class.getName(), 0); 
      cellSizes.put(Shark.class.getName(), 0); 

      this.grid = grid; 
      XOGridLogic.percentSimilar = percent_similar; 
      cellSizes = new HashMap<String, Integer>(); 
      cellSizes.put(Group1.class.getName(), 0); 
      cellSizes.put(Group2.class.getName(), 0); 

   private Cell determineNextLocation() { 
      ArrayList<Cell> tempFish = new ArrayList<Cell>(); 
      ArrayList<Cell> tempEmpty = new ArrayList<Cell>(); 
 
      for (Cell c : neighbors) { 
         if (c instanceof Fish) 
            tempFish.add(c); 
         if (c instanceof EmptyCell) 
            tempEmpty.add(c); 
      } 
      // if no fish then move like fish 
      if (tempFish.size() == 0) { 

   private Cell determineNextLocation() { 
      ArrayList<Cell> temp = new ArrayList<Cell>(); 
      for (Cell c : neighbors) { 
         if (c instanceof EmptyCell) 
            temp.add(c); 
      } 
      //dont move if nowhere to move 
      if (temp.size() == 0) 

   private Cell getNeighbor(int i, int j) { 
      if (addBoundaryEmpty(i, getRows()) == true || addBoundaryEmpty(j, getColumns()) == true) { 
         EmptyCell addthis = new EmptyCell(i,j); 
         return addthis; 
      } 
      return getGridIndex(i, j); 
   } 

   private Cell getNeighbor(int i, int j) { 
      if (addBoundaryEmpty(i, getRows()) == true || addBoundaryEmpty(j, getColumns()) == true) { 
         DeadCell addthis = new DeadCell(i,j); 
         return addthis; 
      } 
      return getGridIndex(i, j); 
   } 

      neighbors = new ArrayList<Cell>(); 
      for (int i = 0; i < xModifier.length; i++) { 
         if (validIndex(x + xModifier[i], y + yModifier[i])) 
            addIndex(x + xModifier[i], y + yModifier[i]); 
      } 
      return neighbors; 

      neighbors = new ArrayList<Cell>(); 
      for (int i = 0; i < xModifier.length; i++) { 
            addIndex(x + xModifier[i], y + yModifier[i]); 
      } 
      return neighbors; 

   private void checkState(Cell cell, ArrayList<Cell> neighbors) { 
      cell.calculateNextState(neighbors); 
   } 

   private void checkState(Cell cell, ArrayList<Cell> neighbors) { 
      cell.calculateNextState(neighbors); 
   } 

   private void checkState(Cell cell, ArrayList<Cell> neighbors) { 
      cell.calculateNextState(neighbors); 
   } 

   private boolean determineNextState() { 
      int numAlive = 0; 
      for (Cell c : neighbors) { 
         if (c instanceof AliveCell) { 
            numAlive++; 
         } 
      } 
      // If less than 2 neighboring cells are alive, cell dies of under 
      // population. 
      if (numAlive < 2) { 
         return false; 
      } 
      // If cell has 2 or 3 neighboring alive cells, cell stays alive. 
      if (numAlive == 2 || numAlive == 3) { 
         return true; 
      } 
      // If cell has more than 3 neighboring alive cells, cell dies of over 
      // population. 
      else { 
         return false; 
      } 
   } 

   private boolean determineNextState() { 
      int numAlive = 0; 
      for (Cell c: neighbors) { 
         if (c instanceof AliveCell ) { 
            numAlive++; 
         } 
      } 
      // If less than 2 neighboring cells are alive, cell dies of under population. 
      if (numAlive < 2) { 
         return false; 
      } 
      // If cell has 2 or 3 neighboring alive cells, cell stays alive. 
      if (numAlive == 2 || numAlive == 3) { 
         return true; 
      } 
      // If cell has more than 3 neighboring alive cells, cell dies of over population. 
      else { 
         return false; 
      } 
   } 

      BasicFiniteGrid temp = new BasicFiniteGrid(rows, columns); 
      for (int r = 0; r < rows; r++) { 
         for (int c = 0; c < columns; c++) { 
            double ranGen = Math.random(); 
            if (ranGen<=burn) { 
               temp.setGridIndex(new tree.BurningCell(r, c), r, c); 
            } 
            else if (burn < ranGen && ranGen <= tree) { 

      BasicFiniteGrid temp = new HexagonalFiniteGrid(rows, columns); 
      for (int r = 0; r < rows; r++) { 
         for (int c = 0; c < columns; c++) { 
            double ranGen = Math.random(); 
            if(ranGen<=shark) 
               temp.setGridIndex(new Shark(r, c), r, c); 
            else if(shark<ranGen&&ranGen<=fish) 

   @Override 
   public void step() { 
      cellSizes.clear(); 
      // test print 
//      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
//         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
//            System.out.print(grid.getGridIndex(r, c).toString() + " "); 
//         } 
//         System.out.println(); 
//      } 
//      System.out.println(); 
       
      // check state 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            checkState(grid.getGridIndex(r, c), grid.getNeighbors(r, c)); 
         } 
      } 
 
      // update grid based on states 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            updateGrid(grid.getGridIndex(r, c)); 
         } 
      } 
   } 

   @Override 
   public void step() { 
      cellSizes.clear(); 
      // test print 
//      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
//         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
//            System.out.print(grid.getGridIndex(r, c).toString() + " "); 
//         } 
//         System.out.println(); 
//      } 
//      System.out.println(); 
       
      // check state 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            checkState(grid.getGridIndex(r, c), grid.getNeighbors(r, c)); 
         } 
      } 
 
      // update grid based on states 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            updateGrid(grid.getGridIndex(r, c)); 
         } 
      } 
   } 

   @Override 
   public void step() { 
      cellSizes.clear(); 
      // // test print 
      // for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
      // for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
      // System.out.print(grid.getGridIndex(r, c).toString() + " "); 
      // } 
      // System.out.println(); 
      // } 
      // System.out.println(); 
 
      // check state 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            checkState(grid.getGridIndex(c, r), grid.getNeighbors(c, r)); 
         } 
      } 
 
      // update grid based on states 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            updateGrid(grid.getGridIndex(c, r)); 
         } 
      } 
 
   } 

   @Override 
    public String toString () { 
        StringBuilder result = new StringBuilder(); 
        result.append("GameOfLife{") 
              .append("simulationName='").append(getName()).append("', ") 
              .append("simulationTitle='").append(getTitle()).append("', ") 
              .append("simulationAuthor='").append(getAuthor()).append("', ") 
              .append("xSize='").append(getXSize()).append("', ") 
              .append("ySize='").append(getYSize()).append("'. ") 
              .append("percentX='").append(getPercentX()).append("', ") 
              .append("percentO='").append(getPercentO()).append("', ") 
              .append('}'); 
       return result.toString(); 
    } 

   @Override 
    public String toString () { 
        StringBuilder result = new StringBuilder(); 
        result.append("GameOfLife{") 
              .append("simulationName='").append(getName()).append("', ") 
              .append("simulationTitle='").append(getTitle()).append("', ") 
              .append("simulationAuthor='").append(getAuthor()).append("', ") 
              .append("xSize='").append(getXSize()).append("', ") 
              .append("ySize='").append(getYSize()).append("'. ") 
              .append("percentFish='").append(getPercentFish()).append("', ") 
              .append("percentShark='").append(getPercentShark()).append("', ") 
              .append('}'); 
       return result.toString(); 
    } 

   @Override 
    public String toString () { 
        StringBuilder result = new StringBuilder(); 
        result.append("GameOfLife{") 
              .append("simulationName='").append(getName()).append("', ") 
              .append("simulationTitle='").append(getTitle()).append("', ") 
              .append("simulationAuthor='").append(getAuthor()).append("', ") 
              .append("xSize='").append(getXSize()).append("', ") 
              .append("ySize='").append(getYSize()).append("'. ") 
              .append("percentAlive='").append(getPercentAlive()).append("', ") 
              .append("percentDead='").append(getPercentDead()).append("', ") 
              .append('}'); 
       return result.toString(); 
    } 

   @Override 
    public String toString () { 
        StringBuilder result = new StringBuilder(); 
        result.append("GameOfLife{") 
              .append("simulationName='").append(getName()).append("', ") 
              .append("simulationTitle='").append(getTitle()).append("', ") 
              .append("simulationAuthor='").append(getAuthor()).append("', ") 
              .append("xSize='").append(getXSize()).append("', ") 
              .append("ySize='").append(getYSize()).append("'. ") 
              .append("percentTree='").append(getPercentTree()).append("', ") 
              .append("percentBurn='").append(getPercentBurn()).append("', ") 
              .append("percentEmpty='").append(getPercentEmpty()).append("', ") 
              .append("probCatch='").append(getProbCatch()).append("', ") 
              .append('}'); 
       return result.toString(); 
    } 

   private int adjustIndex(int index, int maxIndex) { 
      if (index >= maxIndex) 
         return index % maxIndex; 
      if (index < 0) 
         return index + maxIndex; 
      return index; 
   } 

   private int adjustIndex(int index, int maxIndex) { 
      if (index >= maxIndex) 
         return index % maxIndex; 
      if (index < 0) 
         return index + maxIndex; 
      return index; 
   } 

   @Override 
   protected void visualizeGrid() { 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            Polygon polygon = new Polygon(); 
            Double[] rootPoint; 

   @Override 
   protected void visualizeGrid() { 
      for (int r = 0; r < grid.getRows(); r++) { 
         for (int c = 0; c < grid.getColumns(); c++) { 
            Polygon polygon = new Polygon(); 
            Double[] rootPoint; 

   @Override 
   public void calculateNextState(ArrayList<Cell> neighborList) { 
      neighbors = neighborList; 
 
      isReproducing = handleTurn(); 
      nextLocation = determineNextLocation(); 

   @Override 
   public void calculateNextState(ArrayList<Cell> neighborList) { 
      neighbors = neighborList; 
 
      isReproducing = handleTurn(); 
      nextLocation = determineNextLocation(); 
 
   } 

               temp.setGridIndex(new Fish(r, c), r, c); 
            else 
               temp.setGridIndex(new EmptyCell(r, c), r, c); 
         } 
      } 
      return temp; 

               temp.setGridIndex(new Group2(r, c), r, c); 
            } 
            else { 
               temp.setGridIndex(new Clear(r, c), r, c); 
            } 
         } 
      } 
      return temp; 

               temp.setGridIndex(new AliveCell(r, c), r, c); 
            else { 
               temp.setGridIndex(new DeadCell(r, c), r, c); 
            } 
         } 
      } 
      return temp; 

   @Override 
   public ArrayList<Cell> getNeighbors(int x, int y) { 
      ArrayList<Cell> neighbors = new ArrayList<Cell>(); 
 
      neighbors.add(getNeighbor(x, y + 1)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x, y - 1)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x + 1, y)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x - 1, y)); 

   @Override 
   public ArrayList<Cell> getNeighbors(int x, int y) { 
      ArrayList<Cell> neighbors = new ArrayList<Cell>(); 
 
      neighbors.add(getNeighbor(x, y + 1)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x, y - 1)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x + 1, y)); 
      neighbors.add(getNeighbor(x - 1, y)); 

   @Override 
   public void calculateNextState(ArrayList<Cell> neighborList) { 
      neighbors = neighborList; 
      nextState = determineNextState(); 
   } 

   @Override 
   public void calculateNextState(ArrayList<Cell> neighborList) { 
      neighbors = neighborList; 
      nextState = determineNextState(); 
   } 

   @Override 
   public void calculateNextState(ArrayList<Cell> neighborList) { 
      neighbors = neighborList; 
      nextState = determineNextState(); 
   } 

      if (!cellSizes.containsKey(name)) { 
         cellSizes.put(name, 0); 
      } 
      cellSizes.put(name, cellSizes.get(name) + 1); 

         if (!cellSizes.containsKey(name)) { 
            cellSizes.put(name, 0); 
         } 
         cellSizes.put(name, cellSizes.get(name) + 1); 

    @Override 
    public Simulation getSimulation (Element root) throws XMLFactoryException { 
        if (! isValidFile(root)) { 
            throw new XMLFactoryException("XML file does not represent a %s", getSimulationType()); 
        } 
        // BUGBUG: hard coding tagNames is a bad idea 
        String simulationName = getTextValue(root, "simulation_name"); 
        String simulationTitle = getTextValue(root, "simulation_title"); 
        String simulationAuthor = getTextValue(root, "simulation_author"); 
        String xGridSize = getTextValue(root, "XGridSize"); 
        String yGridSize = getTextValue(root, "YGridSize"); 
        String X = getTextValue(root, "percentX"); 
        String O = getTextValue(root, "percentO"); 
        return new XOXML(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xGridSize, yGridSize, X, O); 
    } 

    @Override 
    public Simulation getSimulation (Element root) throws XMLFactoryException { 
        if (! isValidFile(root)) { 
            throw new XMLFactoryException("XML file does not represent a %s", getSimulationType()); 
        } 
        // BUGBUG: hard coding tagNames is a bad idea 
        String simulationName = getTextValue(root, "simulation_name"); 
        String simulationTitle = getTextValue(root, "simulation_title"); 
        String simulationAuthor = getTextValue(root, "simulation_author"); 
        String xGridSize = getTextValue(root, "XGridSize"); 
        String yGridSize = getTextValue(root, "YGridSize"); 
        String Alive = getTextValue(root, "percentAlive"); 
        String Dead = getTextValue(root, "percentDead"); 
        return new LifeXML(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xGridSize, yGridSize, Alive, Dead); 
    } 

    @Override 
    public Simulation getSimulation (Element root) throws XMLFactoryException { 
        if (! isValidFile(root)) { 
            throw new XMLFactoryException("XML file does not represent a %s", getSimulationType()); 
        } 
        // BUGBUG: hard coding tagNames is a bad idea 
        String simulationName = getTextValue(root, "simulation_name"); 
        String simulationTitle = getTextValue(root, "simulation_title"); 
        String simulationAuthor = getTextValue(root, "simulation_author"); 
        String xGridSize = getTextValue(root, "XGridSize"); 
        String yGridSize = getTextValue(root, "YGridSize"); 
        String Fish = getTextValue(root, "percentFish"); 
        String Shark = getTextValue(root, "percentShark"); 
        return new LifeXML(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xGridSize, yGridSize, Fish, Shark); 
    } 

   private Cell getAdjustedNeighbor(int i, int j) { 
      return getGridIndex(adjustIndex(i, getRows()), adjustIndex(j, getColumns())); 
   } 

   private Cell getAdjustedNeighbor(int i, int j) { 
      return getGridIndex(adjustIndex(i, getRows()), adjustIndex(j, getColumns())); 
   } 

   @Override 
   protected void addIndex(int x, int y){ 
      neighbors.add(getAdjustedNeighbor(x,y)); 
   } 

   @Override 
   protected void addIndex(int x, int y){ 
      neighbors.add(getAdjustedNeighbor(x,y)); 
   } 

   public WaterXML (String simulationName, String simulationTitle, String simulationAuthor, String xSize, String ySize, String pFish, String pShark) { 
      super(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xSize, ySize); 
      percentFish = pFish; 
      percentShark = pShark; 
   } 

   public XOXML (String simulationName, String simulationTitle, String simulationAuthor, String xSize, String ySize, String pX, String pO) { 
      super(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xSize, ySize); 
      percentX = pX; 
      percentO = pO; 
   } 

   public LifeXML (String simulationName, String simulationTitle, String simulationAuthor, String xSize, String ySize, String pAlive, String pDead) { 
      super(simulationName, simulationTitle, simulationAuthor, xSize, ySize); 
      percentAlive = pAlive; 
      percentDead = pDead; 
   } 

            polygon.getPoints().addAll(rootPoint); 
            polygon.setFill(grid.getGridIndex(r, c).getColor()); 
            //polygon.setStroke(Color.BLACK); 
            gridView.getChildren().add(polygon); 

            polygon.getPoints().addAll(rootPoint); 
            polygon.setFill(grid.getGridIndex(c, r).getColor()); 
            gridView.getChildren().add(polygon);